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Les community labs : une révolution pour le « do-it-yourself » en biotechnologies ?

In Uncategorized on janvier 12, 2012 at 6:30

BioCurious, un community biotech lab américain à forte visibilité.

Dans le monde des biotechnologies, un bilan peut aisément être effectué pour l’année 2011 : croissant fut le nombre des bioéconomistes qui choisirent de concentrer leurs études sur rôle joué par « l’innovation de garage » et sur les moyens de la faciliter. Cette tendance est vouée à être confirmée au cours de 2012. Pourtant, la part de l’innovation technologique propre au do-it-yourself (DIY) de garage reste encore trop souvent assimilée à la marginalité d’exemples flamboyants comme Hewlet-Packard ou Microsoft. Mais outre-Atlantique, les papiers se sont multipliés en 2011 sur l’intérêt que pourrait avoir le gouvernement américain à favoriser le développement en réseaux de ces laboratoires particuliers en biotechnologies, et surtout, à faciliter les échanges de la communauté de ces « chercheurs ».

Un modèle fait l’objet d’une minutieuse attention pour relever ce défi et faciliter l’innovation en biotechnologies : les « community biotech labs ». Le pari de ces laboratoires, qui sont pour la plupart sous l’égide d’une organisation à but non lucratif, est de fournir l’équipement (ici un exemple de liste) et la pédagogie nécessaires à tout curieux voulant conduire ses expériences en biotechnologies. Ces laboratoires DIY tranchent donc substantiellement avec le schéma archétypique des startups qui ont pullulé dans les années 80 aux Etats-Unis, où l’innovation s’insérait dans la perspective d’un enrichissement futur dépendant de l’apport de capitaux de la part des investisseurs. Alors que le modèle de laboratoire « traditionnel » est accessible aux étudiants et aux chercheurs attendant leur tour pour expérimenter avec une marge de manœuvre limitée, les community labs se tournent vers un plus large public, en leur garantissant une plus grande liberté d’expérimentation, et en dispensant des séminaires sur les biotechnologies pour ceux souhaitant approfondir leurs connaissances sur ce sujet.  Un des premiers community labs en biotechnologies de New York, Genspace,  revendique ainsi, depuis son ouverture en décembre 2010 à Brooklyn, son étiquette de « hacker space ».

Cette offre de laboratoires ouverts à la communauté, qui a su faire des émules jusqu’à présent, intéresse de facto progressivement le gouvernement américain. L’idée sous-jacente pour ce dernier serait naturellement de ne pas passer à côté de l’internalisation des externalités positives pour la recherche en biotechnologies produites par ces chercheurs de garage. Alors que le président Obama a entrepris dès septembre dernier, via son bureau exécutif des politiques scientifiques et technologies (OSTP), un appel à contributions pour « aider à hiérarchiser les approches afin de construire la bioéconomie américaine« , lesquelles pourraient se retrouver dans le « National Bioeconomy Blueprint » de 2012, fort est à parier que ces community labs pourraient s’immiscer dans le débat. Rappelons qu’en novembre 2009, ce même président avait signé un document, plus orienté sur les questions de biodéfense, le « National Strategy for Countering Biological Threats« , où était déjà mentionnée l’importance des laboratoires de garage au sein de l’innovation globale en biotechnologies.

Pour quelles raisons les community labs connaissent-ils un développement stupéfiant depuis 2010 aux Etats-Unis ?

Le modèle d’innovation porté par des grandes compagnies de biotechnologies comme Genentech n’est plus forcément le seul à être jugé efficace. La centralisation des investissements en équipement et en personnel qualifié permis par ces entreprises peut en effet se sentir parfois dépassée par la richesse de toute une communauté, qui à la fois réfléchit en même temps, mais profite de même de l’expérience particulière de chacun de ses membres.

Si en 1959, le physicien Richard Feynman avait suggéré que la raison la plus évidente de poursuivre la recherche en nanotechnologies était de le faire « juste pour le fun », il semblerait bien que de  nos jours le gouvernement américain prenne très sérieusement en compte les bénéfices qu’il pourrait retirer de cette curiosité du chercheur de garage.

La stochasticité de toute recherche en biotechnologies se plie pourtant à un constat de base pour que puisse surgir de l’expérimentation l’innovation : plus le protocole expérimental va être travaillé, réétudié, répété, enrichi du savoir oxygénant d’un nouvel individu, plus les chances sont élevées que, de tout ceci, une découverte ressorte. L’innovation de garage perd donc en valeur si elle reste un peu trop repliée sur elle-même, ce qui est structurellement le biais de nombreux cas de biohackers qui ne prennent pas forcément conscience de travaux analogues aux leurs. La technologie peut être accessible à chacun, par le truchement de l’open access, des machines à synthétiser des gènes peuvent être achetées sur eBay, mais l’intérêt réel de cette recherche de garage reposerait plutôt sur sa mise en réseau.

En comptant manifestement (s’)investir un peu plus dans les community biotech labs, le gouvernement américain suit ainsi sagement le mot du philosophe Jean Bodin qui déjà au XVIe siècle avançait qu’ « il n’est de richesse que d’hommes ». Il prend le parti que la recherche en biotechnologies avancera plus rapidement si chaque personne volontaire y met du sien de façon intelligente et coordonnée. Ce rapprochement effectué contribue aussi à l’extension des fonctions régaliennes de l’Etat sur cette recherche privée. Par une plus forte coopération avec les autorités publiques, les community labs permettent en effet de contrôler un peu mieux que dans les garages particuliers l’évolution des recherches de chacun et s’assurer que le principe de biosûreté soit au mieux respecté. Le FBI n’hésite pas non plus à entrer en contact avec ces laboratoires pour compléter les formations qu’il dispense en interne sur le bioterrorisme.

Alors le do-it-yourself en biotechnologies mis sur l’autel de la communauté, une manne sérieuse d’innovation future ou une entreprise qui ne sera jamais plus que ludique?

Comprendre le vivant dans son intimité : les défis posés par la biologie synthétique.

In Uncategorized on avril 25, 2011 at 10:08

Combinant les principes d’ingénierie et de biologie, la biologie synthétique ouvre la voie de la déconstruction/reconstruction de nouveaux systèmes biologiques. Bien que la naissance de ce domaine scientifique soit assez récente, le premier congrès officiel spécifique s’étant déroulé en 2004 au MIT, certains scientifiques  du XXe siècle avaient déjà entrevu ce qui se trouve au fondement même de la biologie synthétique aujourd’hui : la compréhension la plus poussée qui soit des mécanismes du vivant. Le biologiste français Stéphane Leduc, dans son ouvrage de 1912 La biologie synthétique, parlait justement d’une « science synthétique » lorsque la structure des objets d’analyse était entièrement mise à nu et qu’il devient possible pour le scientifique de recréer un objet identique, voire même modifié. Il n’est pas surprenant alors qu’en 2009 les équipes américaines de J. Craig Venter, se trouvant à la pointe de ce domaine, avaient malicieusement codé comme une citation du physicien Richard Feynman à l’intérieur d’un génome synthétique transplanté dans une enveloppe de levure : « Ce que je ne peux pas créer, je ne le comprends pas » (l’anecdote racontée ici avec plus de détails par le Dr Venter en personne).  À l’instar de cette figure emblématique de la génétique, des entreprises privées se développent dans ce champ aux Etats-Unis, encouragées récemment par le gouvernement américain. En effet, au mois de décembre dernier, la Commission présidentielle américaine sur la bioéthique avait publié un rapport autorisant ces recherches sur le territoire national, considérant que les risques posés par ce domaine n’étaient encore tangibles et appelant pour le moment à ce que les scientifiques soient transparents et raisonnables dans leurs travaux. Si l’administration américaine est sensible à l’évolution du domaine, qu’en est-il en France ?

A ma connaissance , aucune loi ne mentionne la biologie synthétique et ne pose des limites éthiques à sa manipulation (ce n’était même pas le cas dans l’étude d’impact du projet de loi sur la bioéthique). Cela prouve une certaine nonchalance politique française à développer ce domaine en encadrant ses risques potentiels. Le scientifique-fou a encore de beaux jours devant lui par conséquent s’il prend à la lettre l’article 5 de la Déclaration des Droits de l’Homme et du Citoyen de 1789 de valeur constitutionnelle : « La loi n’a le droit de défendre que les actions nuisibles à la société. Tout ce qui n’est pas défendu par la loi ne peut être empêché, et nul ne peut être contraint à faire ce qu’elle n’ordonne pas. »

Alors oui, la France est en net retard sur le champ de la biologie synthétique par rapport à son homologue américain. Pourtant, il faut se méfier des faux effets d’avance, surtout dans un domaine qui a su développer très tôt une culture de l’opensource. Le chercheur américain du MIT, Tom Knight, a alors participé dans le début des années 2000 au développement des BioBricks (Briques du vivant), son idée étant avec d’autres chercheurs (comme Drew Andy , ou encore Christopher Voigt) de standardiser à la manière de l’ingénierie toute construction biologique. Les biobricks sont donc constituées de séquences d’ADN de structure et fonction définies, dont l’assemblage permettrait de construire de nouvelles formes de vie. Les avancées effectuées par la communauté internationale, à l’aide notamment de « machines à synthétiser l’ADN » (disponibles à la vente sur eBay), sont mises en ligne dans des registres, chacun pouvant alors reprendre ses données pour repartir sur sa propre création. Dès 2003, un concours, l’IGEM (International Genetically Engineered Machine competition) encourageait les aficionados étudiants de la biologie synthétique en provenance des quatre coins de globe à venir concourir en démontrant leur imagination et leur audace dans leurs constructions. À ce propos une équipe francilienne en 2007 et une équipe de l’INSA de Lyon en 2010 ont été récompensées pour leurs travaux respectifs à ce concours, preuve que même sporadiquement les jeunes chercheurs français veulent s’investir dans ce domaine scientifique.

Il faut tout de même remarquer qu’une amorce de réflexion sur la biologie synthétique a débuté en France. En témoigne un compte-rendu d’étude de l’OPECST (Office Parlementaire d’Evaluation des Choix Scientiques et Technologiques) de février 2011 sur le sujet. Ce compte-rendu souligne surtout l’écart séparant les applications prometteuses de cette technologie dans les domaines de l’environnement, de l’énergie, de la médecine, et les réalisations possibles aujourd’hui. Cependant, en contraste avec les Etats-Unis, aucune de stratégie spécifique n’est établie pour orienter cette recherche en France, l’heure restant encore à l’évaluation et aux discussions.

En marge de toute circonspection, des nouvelles unités de recherche consacrées à la biologie synthétique se créent dans le monde : encore discrète, cette matière sera faire parler d’elle auprès du grand public dans la décennie à venir. Lorsque la technologie synthétique sera suffisamment maîtrisée, on pourra alors imaginer à terme des possibilités d’utilisation de cellules synthétiques dans des applications thérapeutiques dépassant celles des cellules souches. C’est bien normal car dans l’absolu, les seules limites de la biologie synthétique sont l’imagination…. et bien sûr l’éthique. Mais lorsque l’imagination des scientifiques s’emballe, voici un petit aperçu de ce que pourrait devenir par exemple votre Actimel du matin au contact de cette technologie (âmes sensibles, s’abstenir de cliquer).

Une question reste de connaître quels seront les moteurs de cette recherche sur le sol national pour les années à venir, même si l’on sait que la voie de la coopération entre pays de l’UE est déjà en cours. Bien qu’un modèle public garantit un meilleur encadrement des dérives potentielles liées à cette recherche, une transposition du modèle américain serait-elle envisageable en France ? Comment envisager de toute manière de se passer du secteur privé pour ce jeune domaine en période de gels des crédits publics, et donc de ceux attribués à la recherche (c’est le cas en UE, mais ça l’est aussi outre-Atlantique) ? Enfin, à quand peut-on escompter des prises de position politiques claires sur ce domaine ?

Pour plus d’informations sur la biologie synthétique, je vous conseille ce site en français.