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Les community labs : une révolution pour le « do-it-yourself » en biotechnologies ?

In Uncategorized on janvier 12, 2012 at 6:30

BioCurious, un community biotech lab américain à forte visibilité.

Dans le monde des biotechnologies, un bilan peut aisément être effectué pour l’année 2011 : croissant fut le nombre des bioéconomistes qui choisirent de concentrer leurs études sur rôle joué par « l’innovation de garage » et sur les moyens de la faciliter. Cette tendance est vouée à être confirmée au cours de 2012. Pourtant, la part de l’innovation technologique propre au do-it-yourself (DIY) de garage reste encore trop souvent assimilée à la marginalité d’exemples flamboyants comme Hewlet-Packard ou Microsoft. Mais outre-Atlantique, les papiers se sont multipliés en 2011 sur l’intérêt que pourrait avoir le gouvernement américain à favoriser le développement en réseaux de ces laboratoires particuliers en biotechnologies, et surtout, à faciliter les échanges de la communauté de ces « chercheurs ».

Un modèle fait l’objet d’une minutieuse attention pour relever ce défi et faciliter l’innovation en biotechnologies : les « community biotech labs ». Le pari de ces laboratoires, qui sont pour la plupart sous l’égide d’une organisation à but non lucratif, est de fournir l’équipement (ici un exemple de liste) et la pédagogie nécessaires à tout curieux voulant conduire ses expériences en biotechnologies. Ces laboratoires DIY tranchent donc substantiellement avec le schéma archétypique des startups qui ont pullulé dans les années 80 aux Etats-Unis, où l’innovation s’insérait dans la perspective d’un enrichissement futur dépendant de l’apport de capitaux de la part des investisseurs. Alors que le modèle de laboratoire « traditionnel » est accessible aux étudiants et aux chercheurs attendant leur tour pour expérimenter avec une marge de manœuvre limitée, les community labs se tournent vers un plus large public, en leur garantissant une plus grande liberté d’expérimentation, et en dispensant des séminaires sur les biotechnologies pour ceux souhaitant approfondir leurs connaissances sur ce sujet.  Un des premiers community labs en biotechnologies de New York, Genspace,  revendique ainsi, depuis son ouverture en décembre 2010 à Brooklyn, son étiquette de « hacker space ».

Cette offre de laboratoires ouverts à la communauté, qui a su faire des émules jusqu’à présent, intéresse de facto progressivement le gouvernement américain. L’idée sous-jacente pour ce dernier serait naturellement de ne pas passer à côté de l’internalisation des externalités positives pour la recherche en biotechnologies produites par ces chercheurs de garage. Alors que le président Obama a entrepris dès septembre dernier, via son bureau exécutif des politiques scientifiques et technologies (OSTP), un appel à contributions pour « aider à hiérarchiser les approches afin de construire la bioéconomie américaine« , lesquelles pourraient se retrouver dans le « National Bioeconomy Blueprint » de 2012, fort est à parier que ces community labs pourraient s’immiscer dans le débat. Rappelons qu’en novembre 2009, ce même président avait signé un document, plus orienté sur les questions de biodéfense, le « National Strategy for Countering Biological Threats« , où était déjà mentionnée l’importance des laboratoires de garage au sein de l’innovation globale en biotechnologies.

Pour quelles raisons les community labs connaissent-ils un développement stupéfiant depuis 2010 aux Etats-Unis ?

Le modèle d’innovation porté par des grandes compagnies de biotechnologies comme Genentech n’est plus forcément le seul à être jugé efficace. La centralisation des investissements en équipement et en personnel qualifié permis par ces entreprises peut en effet se sentir parfois dépassée par la richesse de toute une communauté, qui à la fois réfléchit en même temps, mais profite de même de l’expérience particulière de chacun de ses membres.

Si en 1959, le physicien Richard Feynman avait suggéré que la raison la plus évidente de poursuivre la recherche en nanotechnologies était de le faire « juste pour le fun », il semblerait bien que de  nos jours le gouvernement américain prenne très sérieusement en compte les bénéfices qu’il pourrait retirer de cette curiosité du chercheur de garage.

La stochasticité de toute recherche en biotechnologies se plie pourtant à un constat de base pour que puisse surgir de l’expérimentation l’innovation : plus le protocole expérimental va être travaillé, réétudié, répété, enrichi du savoir oxygénant d’un nouvel individu, plus les chances sont élevées que, de tout ceci, une découverte ressorte. L’innovation de garage perd donc en valeur si elle reste un peu trop repliée sur elle-même, ce qui est structurellement le biais de nombreux cas de biohackers qui ne prennent pas forcément conscience de travaux analogues aux leurs. La technologie peut être accessible à chacun, par le truchement de l’open access, des machines à synthétiser des gènes peuvent être achetées sur eBay, mais l’intérêt réel de cette recherche de garage reposerait plutôt sur sa mise en réseau.

En comptant manifestement (s’)investir un peu plus dans les community biotech labs, le gouvernement américain suit ainsi sagement le mot du philosophe Jean Bodin qui déjà au XVIe siècle avançait qu’ « il n’est de richesse que d’hommes ». Il prend le parti que la recherche en biotechnologies avancera plus rapidement si chaque personne volontaire y met du sien de façon intelligente et coordonnée. Ce rapprochement effectué contribue aussi à l’extension des fonctions régaliennes de l’Etat sur cette recherche privée. Par une plus forte coopération avec les autorités publiques, les community labs permettent en effet de contrôler un peu mieux que dans les garages particuliers l’évolution des recherches de chacun et s’assurer que le principe de biosûreté soit au mieux respecté. Le FBI n’hésite pas non plus à entrer en contact avec ces laboratoires pour compléter les formations qu’il dispense en interne sur le bioterrorisme.

Alors le do-it-yourself en biotechnologies mis sur l’autel de la communauté, une manne sérieuse d’innovation future ou une entreprise qui ne sera jamais plus que ludique?

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La thérapie génique : le dernier rempart contre le VIH ?

In Uncategorized on décembre 8, 2011 at 4:32


Une semaine jour pour jour après la journée mondiale de lutte contre le SIDA, il me semble opportun de mettre un coup de projecteur plus modeste en direction de la recherche sur le VIH. Pourquoi écrire ce billet ? Car j’estime partager une impression qui je pense est communément répandue, à savoir que malgré toute la visibilité sociale de ce virus et la couverture médiatique dont il bénéficie, le grand public –auquel je m’associe– demeure mal informé des avancées concrètes de la recherche thérapeutique sur ce terrain.

Depuis l’isolement du virus dans les années 80, lequel avait donné lieu à un rocambolesque contentieux  franco-américain sur la paternité de la découverte, la piste d’un vaccin contre le VIH continue de faire fumer les têtes de toute une communauté d’immunologues et virologues mobilisés à la hauteur des ravages causés dans le monde par ce virus. La recherche depuis lors ne cesse de progresser sur la structure du VIH, sur l’identification de ses différentes souches, sur sa transmission et sa physiopathologie, mais force est de constater que pour l’instant le Saint Graal thérapeutique, qui vaudrait sûrement à son découvreur un prix Nobel de médecine, n’a pas encore été trouvé. Un article publié récemment dans la revue scientifique Nature pourrait cependant suggérer, qu’après de nombreuses fausses routes, la thérapie génique serait la nouvelle voie à privilégier.

Pour rappel, les vaccins fonctionnent en sensibilisant le système immunitaire à un virus particulier par le truchement d’une substance active, appelée antigène, de telle sorte que lorsque l’infection survient réellement, le système est déjà prêt pour cibler et détruire le virus. Mais pour ce qui concerne le VIH, maintenir le corps dans cet état d’alerte est plus compliqué, cette limite rendant les vaccins conçus jusqu’à présent inefficaces sur le long terme. C’est pourquoi les chercheurs du département de biologie du prestigieux Caltech (California Institute of Technology) de Pasadena en Californie fondent à présent leurs espoirs au niveau génétique avec la thérapie génique.

En quoi consiste cette méthode de thérapie génique ? Elle consiste principalement à remplacer à l’aide d’un dérivé d’adénovirus utilisé comme vecteur des gènes par de nouveaux qui permettront de coder par la suite une protéine fonctionnelle dans l’organisme, laquelle traitera la maladie. Ce n’est pas la première fois que la piste de la thérapie génique fut avancée, mais pour le moment aucune tentative n’a  été vraiment concluante et n’a pu passer le cap des essais cliniques.

Dans le cas qui nous intéresse, les chercheurs de Caltech ont pris pour sujets de leur expérimentation des souris. Le but était de rendre ces souris immunisées durablement au VIH par le biais d’une intervention sur leur génome. En se servant pour vecteur un dérivé de virus adéno-associé (ou AAV), les chercheurs ont donc inséré au sein d’un groupe de cellules musculaires le gène permettant par la suite de coder les anticorps actifs contre le VIH. Le tout en une seule injection. Une fois le gène exprimé et les nouveaux anticorps déversés au sein du circuit sanguin de la souris, les chercheurs ont inoculé le VIH. Et à en croire leurs conclusions, les résultats obtenus ont été très prometteurs. Même injecté à un niveau plus de cent fois supérieur à ce qui est normalement suffisant pour contaminer des souris non vaccinées, les anticorps des souris traitées ont empêché systématiquement le VIH d’infecter les cellules de l’organisme. Les effets de la vaccination sont censés durer ainsi tout le long de la vie de ces souris.

Les chercheurs restent prudents bien entendu sur la portée de leur découverte, et sur les difficultés d’une transposition de cette vaccination chez l’être humain. La piste des essais cliniques est donc encore envisagée avec de nombreuses précautions. Je souhaite donc à cette équipe et à toutes celles poursuivant les mêmes ambitions de toujours garder près de l’oreille le conseil donné par le sage Ésope à sa fable 45 : « Quidquid agis, prudenter agas et respice finem ».

[Dans le rétro] Technique, moralité et normativité de la vie humaine

In Dans le rétro, Uncategorized on octobre 16, 2011 at 9:47

Ce billet constitue d’une certaine façon le prolongement de la réflexion déjà entamée ici.

Si Hans Jonas s’inquiète des conséquences de nos actions présentes à travers sa théorisation du « principe responsabilité », c’est qu’il a particulièrement en tête tout ce que la génétique de la fin des années 1970 traine comme dérives latentes avec elle. Non seulement la compréhension du génome humain a fait plusieurs bonds en avant, mais déjà l’homme est en capacité technique d’agir sur celui-ci et de le modifier partiellement.

En prenant l’exemple du clonage reproductif déjà entrevu à cette période : comment expliquer alors que la frustration de parents puisse justifier l’imposition d’un mode de vie « contraignant » pour leur progéniture?  C’est ainsi que Jonas revendique son attachement aux principes humanistes de notre temps qui nous déterminent et fondent une liberté de type kantienne, en s’effrayant des dévastes identitaires que pourraient produire l’application des sciences à des fins  d’« amélioration » de l’homme. Pourtant, pour ce qui est des manipulations génétiques dont les conséquences à l’heure actuelle sont encore loin d’être complètement comprises, la moralité kantienne paraît être un concept difficilement applicable. Cette remarque nous renvoie alors à nous questionner sur les types de comportements aujourd’hui acceptables dans nos sociétés pour la reproduction de notre espèce.

On le sait, la moralité évolue en fonction des mentalités, des mœurs, et peut-être que les remarques d’un jour de Hans Jonas ne seront plus pertinentes le lendemain. Prenons par exemple la question de l’interruption volontaire de grossesse (IVG). Cette pratique bien qu’encore moralement fort éprouvante s’est de nos jours amplement « normalisée » dans la société française. Kant peut même d’une certaine manière justifier l’IVG : dans le cas d’une conception qui n’était mûrement réfléchie ou voire même forcée, il peut s’avérer comme relevant d’une liberté fondamentale le droit de disposer de son corps et de ne pas faire subir à une progéniture potentielle les conséquences d’une parentalité qui n’est pas prête. Plus tard, Luc Boltanski reconnaîtra dans la légalisation de l’avortement au sein des sociétés contemporaines, la marque d’une dualité du fœtus[1]. La société pétrie à son insu d’une « grammaire de l’engendrement » ferait ainsi la distinction entre le fœtus « tumoral » qui ne serait qu’un amas de cellules sans objet et dont l’avortement pourrait libérer la femme qui le porte, et le fœtus « authentique » qui est déjà inséré dans un projet parental de long terme qui le fera devenir être de parole et pour lequel un avortement semble illégitime.

Il faut ainsi rappeler que le droit d’avorter, donc d’effectuer en quelque sorte un eugénisme négatif, ne fut de tous temps garanti en France. Encore sous la Seconde Guerre mondiale, « la faiseuse d’anges », Marie-Louise Giraud, connue pour ces cas d’avortement (notamment de femmes françaises violées par des officiers allemands pendant l’Occupation), s’est faite guillotiner pour ce « crime ». De nos jours, la législation mondiale est loin d’être de même unifiée sur ce sujet. Par exemple, la Corée du Sud vient de passer une loi en 2010 qui autorise l’avortement en cas de viol ou d’inceste. Faut-il parler pour autant d’un « retard » flagrant de la législation coréenne par rapport aux pays occidentaux?

On se rend ainsi compte à ce stade du raisonnement, que pour bien encadrer les dérives eugéniques pouvant résulter de l’application d’une technique médicale, il faut préalablement effectuer un travail de réflexion sur les limites que l’on veut donner à l’inaliénabilité de la vie. Sans cet effort de détermination, le débat sur la propension « eugénisante » de telle ou telle technique sera fatalement un échec car partira sur des définitions non concomitantes. Pourtant, comment définir dans notre morale collective des points de départ et de fin d’une vie qui serait à partir de là intouchable, sacrée, alors que les avancées de la technique déconstruisent toujours plus en profondeur notre jugement sur la formation de la vie ?


[1] Luc Boltanski, La condition fœtale, 2004.


Comprendre le vivant dans son intimité : les défis posés par la biologie synthétique.

In Uncategorized on avril 25, 2011 at 10:08

Combinant les principes d’ingénierie et de biologie, la biologie synthétique ouvre la voie de la déconstruction/reconstruction de nouveaux systèmes biologiques. Bien que la naissance de ce domaine scientifique soit assez récente, le premier congrès officiel spécifique s’étant déroulé en 2004 au MIT, certains scientifiques  du XXe siècle avaient déjà entrevu ce qui se trouve au fondement même de la biologie synthétique aujourd’hui : la compréhension la plus poussée qui soit des mécanismes du vivant. Le biologiste français Stéphane Leduc, dans son ouvrage de 1912 La biologie synthétique, parlait justement d’une « science synthétique » lorsque la structure des objets d’analyse était entièrement mise à nu et qu’il devient possible pour le scientifique de recréer un objet identique, voire même modifié. Il n’est pas surprenant alors qu’en 2009 les équipes américaines de J. Craig Venter, se trouvant à la pointe de ce domaine, avaient malicieusement codé comme une citation du physicien Richard Feynman à l’intérieur d’un génome synthétique transplanté dans une enveloppe de levure : « Ce que je ne peux pas créer, je ne le comprends pas » (l’anecdote racontée ici avec plus de détails par le Dr Venter en personne).  À l’instar de cette figure emblématique de la génétique, des entreprises privées se développent dans ce champ aux Etats-Unis, encouragées récemment par le gouvernement américain. En effet, au mois de décembre dernier, la Commission présidentielle américaine sur la bioéthique avait publié un rapport autorisant ces recherches sur le territoire national, considérant que les risques posés par ce domaine n’étaient encore tangibles et appelant pour le moment à ce que les scientifiques soient transparents et raisonnables dans leurs travaux. Si l’administration américaine est sensible à l’évolution du domaine, qu’en est-il en France ?

A ma connaissance , aucune loi ne mentionne la biologie synthétique et ne pose des limites éthiques à sa manipulation (ce n’était même pas le cas dans l’étude d’impact du projet de loi sur la bioéthique). Cela prouve une certaine nonchalance politique française à développer ce domaine en encadrant ses risques potentiels. Le scientifique-fou a encore de beaux jours devant lui par conséquent s’il prend à la lettre l’article 5 de la Déclaration des Droits de l’Homme et du Citoyen de 1789 de valeur constitutionnelle : « La loi n’a le droit de défendre que les actions nuisibles à la société. Tout ce qui n’est pas défendu par la loi ne peut être empêché, et nul ne peut être contraint à faire ce qu’elle n’ordonne pas. »

Alors oui, la France est en net retard sur le champ de la biologie synthétique par rapport à son homologue américain. Pourtant, il faut se méfier des faux effets d’avance, surtout dans un domaine qui a su développer très tôt une culture de l’opensource. Le chercheur américain du MIT, Tom Knight, a alors participé dans le début des années 2000 au développement des BioBricks (Briques du vivant), son idée étant avec d’autres chercheurs (comme Drew Andy , ou encore Christopher Voigt) de standardiser à la manière de l’ingénierie toute construction biologique. Les biobricks sont donc constituées de séquences d’ADN de structure et fonction définies, dont l’assemblage permettrait de construire de nouvelles formes de vie. Les avancées effectuées par la communauté internationale, à l’aide notamment de « machines à synthétiser l’ADN » (disponibles à la vente sur eBay), sont mises en ligne dans des registres, chacun pouvant alors reprendre ses données pour repartir sur sa propre création. Dès 2003, un concours, l’IGEM (International Genetically Engineered Machine competition) encourageait les aficionados étudiants de la biologie synthétique en provenance des quatre coins de globe à venir concourir en démontrant leur imagination et leur audace dans leurs constructions. À ce propos une équipe francilienne en 2007 et une équipe de l’INSA de Lyon en 2010 ont été récompensées pour leurs travaux respectifs à ce concours, preuve que même sporadiquement les jeunes chercheurs français veulent s’investir dans ce domaine scientifique.

Il faut tout de même remarquer qu’une amorce de réflexion sur la biologie synthétique a débuté en France. En témoigne un compte-rendu d’étude de l’OPECST (Office Parlementaire d’Evaluation des Choix Scientiques et Technologiques) de février 2011 sur le sujet. Ce compte-rendu souligne surtout l’écart séparant les applications prometteuses de cette technologie dans les domaines de l’environnement, de l’énergie, de la médecine, et les réalisations possibles aujourd’hui. Cependant, en contraste avec les Etats-Unis, aucune de stratégie spécifique n’est établie pour orienter cette recherche en France, l’heure restant encore à l’évaluation et aux discussions.

En marge de toute circonspection, des nouvelles unités de recherche consacrées à la biologie synthétique se créent dans le monde : encore discrète, cette matière sera faire parler d’elle auprès du grand public dans la décennie à venir. Lorsque la technologie synthétique sera suffisamment maîtrisée, on pourra alors imaginer à terme des possibilités d’utilisation de cellules synthétiques dans des applications thérapeutiques dépassant celles des cellules souches. C’est bien normal car dans l’absolu, les seules limites de la biologie synthétique sont l’imagination…. et bien sûr l’éthique. Mais lorsque l’imagination des scientifiques s’emballe, voici un petit aperçu de ce que pourrait devenir par exemple votre Actimel du matin au contact de cette technologie (âmes sensibles, s’abstenir de cliquer).

Une question reste de connaître quels seront les moteurs de cette recherche sur le sol national pour les années à venir, même si l’on sait que la voie de la coopération entre pays de l’UE est déjà en cours. Bien qu’un modèle public garantit un meilleur encadrement des dérives potentielles liées à cette recherche, une transposition du modèle américain serait-elle envisageable en France ? Comment envisager de toute manière de se passer du secteur privé pour ce jeune domaine en période de gels des crédits publics, et donc de ceux attribués à la recherche (c’est le cas en UE, mais ça l’est aussi outre-Atlantique) ? Enfin, à quand peut-on escompter des prises de position politiques claires sur ce domaine ?

Pour plus d’informations sur la biologie synthétique, je vous conseille ce site en français.