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Comprendre le vivant dans son intimité : les défis posés par la biologie synthétique.

In Uncategorized on avril 25, 2011 at 10:08

Combinant les principes d’ingénierie et de biologie, la biologie synthétique ouvre la voie de la déconstruction/reconstruction de nouveaux systèmes biologiques. Bien que la naissance de ce domaine scientifique soit assez récente, le premier congrès officiel spécifique s’étant déroulé en 2004 au MIT, certains scientifiques  du XXe siècle avaient déjà entrevu ce qui se trouve au fondement même de la biologie synthétique aujourd’hui : la compréhension la plus poussée qui soit des mécanismes du vivant. Le biologiste français Stéphane Leduc, dans son ouvrage de 1912 La biologie synthétique, parlait justement d’une « science synthétique » lorsque la structure des objets d’analyse était entièrement mise à nu et qu’il devient possible pour le scientifique de recréer un objet identique, voire même modifié. Il n’est pas surprenant alors qu’en 2009 les équipes américaines de J. Craig Venter, se trouvant à la pointe de ce domaine, avaient malicieusement codé comme une citation du physicien Richard Feynman à l’intérieur d’un génome synthétique transplanté dans une enveloppe de levure : « Ce que je ne peux pas créer, je ne le comprends pas » (l’anecdote racontée ici avec plus de détails par le Dr Venter en personne).  À l’instar de cette figure emblématique de la génétique, des entreprises privées se développent dans ce champ aux Etats-Unis, encouragées récemment par le gouvernement américain. En effet, au mois de décembre dernier, la Commission présidentielle américaine sur la bioéthique avait publié un rapport autorisant ces recherches sur le territoire national, considérant que les risques posés par ce domaine n’étaient encore tangibles et appelant pour le moment à ce que les scientifiques soient transparents et raisonnables dans leurs travaux. Si l’administration américaine est sensible à l’évolution du domaine, qu’en est-il en France ?

A ma connaissance , aucune loi ne mentionne la biologie synthétique et ne pose des limites éthiques à sa manipulation (ce n’était même pas le cas dans l’étude d’impact du projet de loi sur la bioéthique). Cela prouve une certaine nonchalance politique française à développer ce domaine en encadrant ses risques potentiels. Le scientifique-fou a encore de beaux jours devant lui par conséquent s’il prend à la lettre l’article 5 de la Déclaration des Droits de l’Homme et du Citoyen de 1789 de valeur constitutionnelle : « La loi n’a le droit de défendre que les actions nuisibles à la société. Tout ce qui n’est pas défendu par la loi ne peut être empêché, et nul ne peut être contraint à faire ce qu’elle n’ordonne pas. »

Alors oui, la France est en net retard sur le champ de la biologie synthétique par rapport à son homologue américain. Pourtant, il faut se méfier des faux effets d’avance, surtout dans un domaine qui a su développer très tôt une culture de l’opensource. Le chercheur américain du MIT, Tom Knight, a alors participé dans le début des années 2000 au développement des BioBricks (Briques du vivant), son idée étant avec d’autres chercheurs (comme Drew Andy , ou encore Christopher Voigt) de standardiser à la manière de l’ingénierie toute construction biologique. Les biobricks sont donc constituées de séquences d’ADN de structure et fonction définies, dont l’assemblage permettrait de construire de nouvelles formes de vie. Les avancées effectuées par la communauté internationale, à l’aide notamment de « machines à synthétiser l’ADN » (disponibles à la vente sur eBay), sont mises en ligne dans des registres, chacun pouvant alors reprendre ses données pour repartir sur sa propre création. Dès 2003, un concours, l’IGEM (International Genetically Engineered Machine competition) encourageait les aficionados étudiants de la biologie synthétique en provenance des quatre coins de globe à venir concourir en démontrant leur imagination et leur audace dans leurs constructions. À ce propos une équipe francilienne en 2007 et une équipe de l’INSA de Lyon en 2010 ont été récompensées pour leurs travaux respectifs à ce concours, preuve que même sporadiquement les jeunes chercheurs français veulent s’investir dans ce domaine scientifique.

Il faut tout de même remarquer qu’une amorce de réflexion sur la biologie synthétique a débuté en France. En témoigne un compte-rendu d’étude de l’OPECST (Office Parlementaire d’Evaluation des Choix Scientiques et Technologiques) de février 2011 sur le sujet. Ce compte-rendu souligne surtout l’écart séparant les applications prometteuses de cette technologie dans les domaines de l’environnement, de l’énergie, de la médecine, et les réalisations possibles aujourd’hui. Cependant, en contraste avec les Etats-Unis, aucune de stratégie spécifique n’est établie pour orienter cette recherche en France, l’heure restant encore à l’évaluation et aux discussions.

En marge de toute circonspection, des nouvelles unités de recherche consacrées à la biologie synthétique se créent dans le monde : encore discrète, cette matière sera faire parler d’elle auprès du grand public dans la décennie à venir. Lorsque la technologie synthétique sera suffisamment maîtrisée, on pourra alors imaginer à terme des possibilités d’utilisation de cellules synthétiques dans des applications thérapeutiques dépassant celles des cellules souches. C’est bien normal car dans l’absolu, les seules limites de la biologie synthétique sont l’imagination…. et bien sûr l’éthique. Mais lorsque l’imagination des scientifiques s’emballe, voici un petit aperçu de ce que pourrait devenir par exemple votre Actimel du matin au contact de cette technologie (âmes sensibles, s’abstenir de cliquer).

Une question reste de connaître quels seront les moteurs de cette recherche sur le sol national pour les années à venir, même si l’on sait que la voie de la coopération entre pays de l’UE est déjà en cours. Bien qu’un modèle public garantit un meilleur encadrement des dérives potentielles liées à cette recherche, une transposition du modèle américain serait-elle envisageable en France ? Comment envisager de toute manière de se passer du secteur privé pour ce jeune domaine en période de gels des crédits publics, et donc de ceux attribués à la recherche (c’est le cas en UE, mais ça l’est aussi outre-Atlantique) ? Enfin, à quand peut-on escompter des prises de position politiques claires sur ce domaine ?

Pour plus d’informations sur la biologie synthétique, je vous conseille ce site en français.

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La commission Obama sur la bioéthique donne son feu vert à la recherche en biologie synthétique.

In Uncategorized on décembre 18, 2010 at 4:11

La commission de bioéthique qui conseille les choix du gouvernement américain dans ce domaine, et qui a été créée à l’initiative du président Obama au début de son mandat, vient de rendre public une décision très intéressante pour la recherche cellulaire. Sa position est de dire qu’il n’est nullement nécessaire d’appliquer des méthodes de régulation spécifiques ou même de faire cesser ce champ de recherche embryonnaire, qui reste pourtant très controversé auprès des bioéthiciens du fait des possibilités illimitées de façonnement du vivant qu’il permettrait si poussé à bout.

Justement ce rapport de la commission gouvernementale souligne justement le fait que cette recherche manque de maturité pour être explicitement porteuse de risques. Ce n’est pas pour autant que ses membres ont donné carte blanche aux scientifiques pour effectuer toutes les sortes de recherches leur passant par la tête. En effet, ils appellent ainsi dans ce rapport non seulement à la modération des biologistes synthétiques ainsi qu’à l’instauration de meilleurs mesures de transparence et de contrôle sur leurs recherches.

« La commission pense qu’il est imprudent soit de déclarer un moratoire sur la biologie synthétique jusqu’à ce que tous les risques puissent être déterminés et atténués, soit de simplement ‘laisser la science faire n’importe quoi’, peu importe les risques possibles ».

Si le travail des biologistes synthétique inquiète autant ces derniers temps, c’est qu’il consiste en partie à coder et manipuler de l’ADN afin de créer des nouveaux organismes avec des fonctionnalités décidées par avance. Un des biologistes des plus connus dans ce domaine, si c’est pour n’en citer qu’un, est le médiatique J.Craig Venter, connu notamment pour avoir concurrencé à la fin des années 90 avec son entreprise Celera Genomics, la Human Genome Organisation dans le séquençage du génome humain. En 2010, il avait réussi avec son équipe à synthétiser une bactérie appelée Mycoplasma mycoides JCVI-syn1.0, le tout n’étant pas encore à 100% une création « artificielle » car utilisant l’enveloppe biologique d’une autre bactérie.

Les applications de cette recherche ne sont déjà plus chimériques car se retrouvent dans des domaines aussi différents que la manufacture de médicaments contre le malaria ou encore dans la production de biocarburants. Ce n’est donc que l’aurore de la biologie synthétique, et les perspectives économiques sont gargantuesques.

Ce discours libéral mais pas trop vis-à-vis de la biologie synthétique me plaît bien du côté américain, le gouvernement ayant compris que pousser la recherche fondamentale à porter ses fruits tout en prônant l’autorégulation et la transparence est loin d’être contradictoire. Le mot du président américain (présent sur le site de la commission) à ce sujet est éloquent :

« Alors que notre nation investit dans la science et l’innovation tout en poursuivant des avancées dans la recherche biomédicale et les services de santé, il est impératif que nous le fassions d’une manière responsable. »

Cette prise de risques contrôlés par le gouvernement américain quant aux nouvelles promesses de la biologie de pointe a encore du mal à passer de l’autre côté de l’Atlantique où selon moi plus de pédagogie autour de ces axes de recherche du futur serait souhaitable. Le politique peut prendre le rôle de la conscience de la science, mais doit laisser le temps que cette dernière s’exprime avant de l’étouffer comme c’est le cas en France. Avant le vote de la nouvelle loi de bioéthique prévu début 2011, ce message américain vaut la peine d’être considéré en l’étalonnant à la situation française.